Džamija je izgrađena sredinom 15. vijeka. Mada, o vremenu njene izgradnje postoji više različitih podataka. Pretežno se smatra da je sagrađena 1450. godine u vrijeme vladavine Sultana Murata II Fatiha (Z. Azemović), pa je zato i zovu džamija Sultana Murata II. Drugi tvrde da je izgrađena 1455. godine (M. Bećirbegović), a treći da je podigao 1629. godine sultan Murat IV u znak sjećanja na svoju majku (B. Agović). Ovo bi svakako bilo interesantno provjeriti u arhivima. Džamija je služila u početku za vojničku posadu, uz malu upravnu vlast, a zatim i ostale vjernike koji su prihvatili islam. Zajedno sa tvrđavom, u raznim bunama i ratovima, rušena je i obnavljana nekoliko puta. Prvobitni izgled džamije bio je kao i kod ostalih džamija toga vremena, sa drvenim trijemom natkrivenim na ulazu, koji se oslanjao na drvenim stubovima. Ogradni dio trijema bio je oivičen drvenim stubićima. Unutrašnji dio džamijskog prostora bio je veličine 9 x 9 metara sa mahfilom u dubini od tri metra. Džamija je građena od poluobrađenog lomljenog kamena. Na njoj su postojala dva reda prozora pravogaonog oblika. Bila je pokrivena šindrom. Oko džamije se nalazi muslimansko groblje sa znatnim brojem lijepo urađenih starih nadgrobnih spomenika sa natpisima na turskom i arapskom jeziku, među njima i nekoliko sa još nepročitanim epitafima. Pored džamije je i turbe Šejha Muhameda (Mehmeda) Užičanina, književnika i začetnika socijalnog pokreta u XVIII vijeku, o kome su pisali značajni naučnici i književnici. Šejh je pogubljen od strane janičara 1750. godine u Balotićima kod Rožaja, a turbe mu je podigao Huršid-paša 1854. godine. Džamija je u više navrata renovirana. Zbog dotrajalosti stare džamije, na njenim temeljima sagrađena je nova u potpuno izmjenjenom obliku. U septembru 1966. godine započeta je njena gradnja, a završena 1968. godine. Godine 1977. izgrađeno je novo munare sa 2 šerefeta. Džamija je dobila drugi izgled. Urađen je trijem na ulazu, obnovljeno turbe, šedrvan i gasulhana. Ove radove finansirali su mještani Rožaja i okoline. Međutim, obnovljena džamija nije dugo izdržala zbog nestručno izvedenih radova. Tome su doprinijela i česta klizišta obale Ibra. Kako se sanaciji nije moglo pristupiti zbog narušene statike, džamija je srušena a na njenim temeljima, po treći put, podignuta je nova džamija. Njena izgradnja trajala je četiri godine, od 2004. – 2008. Godine, kada je svečano otvorena. Njenu dekoraciju, kako u enterijeru, tako i u eksterijeru, radili su turski graditelji. Vrhunsku dekoraciju čine arabeske sa ukrašenim ornamentima kao i unutrašnja kubat kaligrafski ispisana ajetima iz Kur’ana. Unutrašnjost džamije obložena je specijalnim keramičkim pločicama, koje upotpunjuju njenu ljepotu i dekoraciju. Pločice su uvezene iz Turske, a postavljane su pod nadzorom majstora koji su specijalizovani za ovaj posao. Posjetilac ima utisak da se nalazi u nekoj od džamija u Istanbulu. Ona spada među najljepše džamije ne samo ovoga kraja nego i šire. U prizemlju je velika haternama, na drugoj etaži je abdesthana i pomoćni molitveni prostor, a u gornje dvije etaže nalazi se prostor za obavljanje namaza. Sa sjeverne strane od ulaza obnovljeno je turbe Šejha Mehmeda Užičanina. Džamija ima dvije munare, devet kupola, od kojih su osam malih i jedno središnje veliko, ispod koga se nalaze manji lučni prozori koji služe za obasjavanje unutrašnjosti džamije. Kupole su obložene bakrom. Džamija je građena donacijama građana Rožaja i iseljenika iz Rožaja koji žive u Turskoj. Munare je finansirala Islamska zajednica Turske, a kameni ogradni zid harema džamije Turska agencija za mađunarodni razvoj i saradnju (TIKA).
